医院设有心血管内科、神经内科、呼吸内科、肾内科、血透中心、血液内科、消化内科、内分泌代谢病科、肿瘤内科、肿瘤放疗科、神经外科、心胸外科、骨科、泌尿外科、肝胆外科、血管外科、肝胆外科、胃肠/小儿外科、肿瘤外科（乳甲外科病区）、肿瘤外科（肛肠外科病区）、妇科、产科、小儿内科、眼科中心、耳鼻咽喉科、口腔科、整形美容科、皮肤性病科、中医科、全科医学科（老年科）、精神卫生科（心理咨询门诊）、感染科、康复医学科、重症医学科、手术室、麻醉科、放射科、检验科、输血科、功能科（超声诊断科、心电图室、神经生理室）、病理科、消化内镜中心、高压氧科、伤口/造口、眼视光配镜中心、疼痛门诊、针灸理疗科、体外碎石、骨质疏松科、营养科、预约诊疗中心、体检中心、急诊医学科、生殖内分泌科等临床科室和医技科室。
一、浙江省医学扶植重点学科：血管外科。
二、浙中区域专病中心：泌尿外科。
三、浙江省区域专病培育中心：重症医学科、心胸外科。
四、衢州市省市共建医学重点学科：肿瘤学、实验诊断学。
五、衢州市医学重点学科：心血管内科、呼吸与危重症医学科、消化内科、内分泌代谢病科、感染科、神经外科、骨科、肝胆外科、泌尿外科、胃肠/小儿外科、肿瘤外科、儿科、妇科、产科、重症医学科、急诊医学科、麻醉科、放射科。
六、衢州市医学支撑学科：骨科、神经外科、心血管内科、血管外科、放射学科、呼吸内科、检验科、重症医学科。
七、衢州市医学重点建设学科：神经内科、肿瘤放疗科、眼科中心。
一、优势病种：手汗症、漏斗胸、膀胱肿瘤、重症肝炎、重症甲流、重症手足口病、新生儿缺血缺氧性脑病、早产儿极低出生体重儿、溶血病、新生儿感染性疾病、急性脑血管疾病、中枢神经系统感染、重症肌无力、癫痫、帕金森病、慢性阻塞性肺病、哮喘、呼吸衰竭、肺部感染性疾病、骨质疏松、痛风、糖尿病、不孕不育症、颅脑肿瘤、脑血管病。
二、优势技术：肝穿刺活检术及腹水回收术、急性心肌梗死急诊介入治疗、经皮冠状动脉造影、冠状动脉内球囊扩张、支架植入术、植入式心电监测仪安置术、逆行胰胆管造影、胆道及胰管内支架置入术、消化道息肉和肿瘤的内镜下摘除、消化道狭窄的扩张术及内支架置入术、胸腔镜下肺大泡切除、胸腺瘤切除、瓣膜置换联合冠状动脉搭桥、体外冲击波碎石技术、急性肺动脉栓塞碎栓术、肾动脉狭窄的介入治疗、子宫肌瘤剔除、卵巢囊肿剥除、导乐陪伴分娩、腹腔镜肝血管瘤切除术。
